廢除化糞池是用戶接管的重要施工項目之一，依「下水道用戶排水設備標準」第29條規定，政府需輔導民眾廢除化糞池，化糞池廢除後民生污水可直接透過公共污水下水道送至水資源回收中心處理，未來不必負擔任何抽取水肥及保養的費用，對民眾來說是長遠有利的作法。

廢除化糞池的步驟是先將化糞池各槽上蓋拆除，槽內加水沖洗、稀鬆，並將污水、污泥抽乾(無法藉由抽水機排除之固體物如石塊等除外)後回填，另外化糞池廢除後原則以混凝土面復原，如用戶提供復舊面層材料，可由本局施工廠商代為施作。