局長一人 、副局長二人、主任秘書一人、總工程司一人、專門委員一人、副總工程司三人、科長十一人、主任四人及正工程司、專員、股長、副工程司、幫工程司、工程員、科員、管理師、助理員、助理工程員、辦事員、書記等156人，並設有水利工程科、水利管理科、水利養護工程科、水利規劃防災科(含防災中心)、污水工程科、污水營運科、污水設施科、水土保持工程科、水土保持管理科、雨水下水道工程科、綜合企劃科、秘書室、人事室、會計室、政風室等十五科室。